淮陰海關(guān)于1995年4月24日經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)設(shè)立，1995年5月18日海關(guān)大樓奠基，1997年6月18日開關(guān)。淮陰海關(guān)隸屬于南京海關(guān)，行政級別為正處。現(xiàn)任關(guān)長為沈曉云。內(nèi)設(shè)四個(gè)科級機(jī)構(gòu)：辦公室、業(yè)務(wù)一科、業(yè)務(wù)二科、調(diào)查技術(shù)科。業(yè)務(wù)監(jiān)管區(qū)域?yàn)榛搓幨袇^(qū)及所屬8個(gè)縣（市 區(qū)）。清河區(qū)、清浦區(qū)、淮安市、淮陰縣、漣水縣、洪澤縣、金湖縣、盱眙縣。

　　業(yè)務(wù)范圍主要為：監(jiān)管從淮陰地區(qū)進(jìn)出境的貨物集裝箱、運(yùn)輸工具及其服務(wù)人員行李物品；辦理本地區(qū)的報(bào)關(guān)注冊及登記備案；負(fù)責(zé)從淮陰地區(qū)進(jìn)出境的貨物 物品 運(yùn)輸工具的稅收征管；辦理新成立的外商投資企業(yè)進(jìn)出口貨物征免稅手續(xù)；負(fù)責(zé)淮陰地區(qū)保稅業(yè)務(wù)的前期備案、審批、中期及后續(xù)管理；負(fù)責(zé)業(yè)務(wù)監(jiān)管區(qū)域內(nèi)走私案件的調(diào)查處理等。