中華人民共和國三明海關（以下簡稱三明海關）1993年7月18日正式開關，隸屬福州海關。關區(qū)與三明市行政區(qū)劃面積相同。負責辦理關區(qū)內(nèi)進出口貨物監(jiān)管、征收關稅、查緝走私、編制海關統(tǒng)計等海關業(yè)務。

經(jīng)2000年海關機構改革后，三明海關設辦公室、通關科、調(diào)查科三個科室。

辦公室負責內(nèi)外協(xié)調(diào)；內(nèi)部行政事務管理；業(yè)務單證管理。

通關科負責進出口貨物監(jiān)管、征稅和統(tǒng)計工作。辦理進出口貨物報關、轉(zhuǎn)關運輸、加工貿(mào)易、征稅及減免稅等海關手續(xù)。

調(diào)查科負責查緝走私、稽查、企業(yè)管理等工作。辦理企業(yè)登記注冊、企業(yè)年檢、異地報備、電子口岸等海關手續(xù)。

三明海關成立以來，認真執(zhí)行黨和國家方針政策，落實 “依法行政、為國把關、服務經(jīng)濟、促進發(fā)展”的海關方針，努力為三明外向型經(jīng)濟服務。到2002年8月，三明關區(qū)有海關年審合格外向型企業(yè)123家，辦理了電子口岸手續(xù)87家。開通了與馬尾、廈門、深圳等口岸的轉(zhuǎn)關運輸出口業(yè)務。三明海關將繼續(xù)在把握“把關”與“服務”平衡點的同時，依法行政，為國把關，服務地方經(jīng)濟，努力為三明外貿(mào)出口發(fā)展做出更大貢獻。