滿洲里海關歷史悠久，是我國最早設立的海關之一。在建國初期滿洲里口岸作為中蘇貿易的主動脈，地位和作用十分重要。進出口貨運量一直居于全國前列，對國民經濟的恢復及國家第一個五年計劃的完成做出了重要貢獻。繼1985年滿洲里市被國家定為甲級開放城市之后，1992年又被國務院批準為首批沿邊開放城市。滿洲里海關業務量急劇擴大，監管方式也由國際鐵路聯運向鐵路、公路、水運、航空等全方位擴展，單一的國家貿易發展成為國貿、地貿、邊貿、勞務合作、承包工程等多種貿易方式并存的繁榮局面，所轄口岸也由原來僅有的鐵路和公路口岸發展為黑山頭、室韋、阿日哈沙特等10個口岸。

近幾年，滿洲里海關監管進出口貨物量一直在300萬噸以上，2000年更是突破歷史新高，達594.95萬噸。其中滿洲里鐵路口岸進出口貿易值占中俄貿易值的30%左右，成為中俄貿易最大的通商口岸。

多年來，滿洲里海關始終堅持從嚴治關，力爭造就一支高素質的海關隊伍，以高素質的人才高質量地完成各項工作。同時，不斷挖掘內部潛力，加大科技投入，結合口岸實際，自行編制相關程序，建設安裝了世界首臺H986貨運列車在線檢查系統。為加快通關速度，改善通關環境奠定了堅實的基礎。

在新的世紀，滿洲里海關將更好地肩負起自己的職責和使命，在海關總署的領導下，正確處理“依法行政，為國把關”與“服務經濟，促進發展”的關系，團結開拓，繼往開來，使各項工作再上新的臺階。