內設機構

政策法規司（創新體系建設辦公室）
 
發展計劃司

重大專項辦公室
 
科研條件與財務司

基礎研究司
 
高新技術發展及產業化司

農村科技司
 
社會發展科技司

國際合作司（港澳臺辦公室）

人事司

機關黨委
 
監察局

離退休干部局

直屬事業單位
 
科學技術部機關服務中心（科學技術部機關服務局）

國家科學技術獎勵工作辦公室
 
中國科學技術信息研究所

中國科學技術發展戰略研究院 
 
中國科學技術交流中心（中日技術合作事務中心）
 
中國農村技術開發中心 

科學技術部火炬高技術產業開發中心（中國技術市場管理促進中心）

中國生物技術發展中心
 
中國21世紀議程管理中心

科學技術部高技術研究發展中心（科學技術部基礎研究管理中心）
 
科學技術部信息中心

國家遙感中心
 
科學技術部科技評估中心

國家科技基礎條件平臺中心
 
國家科技風險開發事業中心

科學技術部科技經費監管服務中心
 
中國國際核聚變能源計劃執行中心

 駐外科技機構
 
 駐巴基斯坦使館科技組

 朝鮮大使館科技組

 韓國大使館科技處

 日本大使館科技處 

 駐福岡總領館科技組

 駐泰國大使館科技組

 駐新加坡大使館科技組

 駐以色列大使館科技處 

 駐印度大使館科技處

 駐印度尼西亞大使館科技處

 駐埃及大使館科技處

 駐南非大使館科技處 

 駐愛爾蘭大使館科技組

 駐奧地利大使館科技處

 駐保加利亞大使館科技組

 駐比利時大使館科技組 

 駐波蘭大使館科技處

 駐丹麥大使館科技處

 駐德國大使館科技處

 駐法國大使館科技處 

 駐芬蘭大使館科技組

 駐荷蘭大使館科技組

 駐捷克大使館科技處

 駐羅馬尼亞使館科技處 

 駐塞黑大使館科技組

 駐挪威大使館科技處

 駐葡萄牙大使館科技組

 駐瑞典大使館科技處 

 駐瑞士大使館科技處

 駐西班牙大使館科技組

 駐希臘大使館科技組

 駐匈牙利大使館科技組
 
 駐意大利大使館科技處

 駐米蘭總領館科技組

 駐英國大使館科技處

 駐白俄羅斯大使館科技組 

 駐俄羅斯大使館科技處

 駐哈巴羅夫斯克總館科技組

 駐圣彼得堡領館科技組

 駐葉卡捷琳堡領館科技組
 
 駐哈薩克斯坦大使館科技處

 駐烏克蘭大使館科技處

 駐加拿大大使館科技處

 駐多倫多總領館科技組 

 駐卡爾加里領館科技組

 駐溫哥華總領館科技組

 駐美國大使館科技處

 駐舊金山總領館科技組
 
 駐洛杉磯總領館科技組

 駐紐約總領館科技組

 駐休斯敦總領館科技組

 駐芝加哥總領館科技組 

 駐巴西大使館科技處

 駐古巴大使館科技組

 駐墨西哥大使館科技組

 駐智利使館科技組 

 駐澳大利亞大使館科技處

 駐悉尼總領館科技組

 駐新西蘭大使館科技處

 常駐聯合國代表團科技組 

 常駐日內瓦代表團組

 駐原子能機構科技組

 駐歐盟使團科技處